* sigma70_start_coords.txt * 2008 Feb 22 * * Start coordinates for sigma 70 in E. coli accession U00096 * used in * https://alum.mit.edu/www/toms/papers/flexprom/ * * @article{Shultzaberger.Schneider-flexprom2007, * author = "R. K. Shultzaberger * and Zehua Chen * and Karen A. Lewis * and T. D. Schneider", * title = "{Anatomy of \emph{Escherichia coli} $\sigma^{70}$ promoters}", * journal = "Nucleic Acids Res.", * volume = "35", * pages = "771--788", * year = "2007"} * * Start_coordinate; orientation 12047 +1 12123 +1 17458 +1 28343 +1 29551 +1 29619 +1 42325 +1 70223 +1 83735 -1 85394 +1 85420 +1 85534 +1 85597 +1 89589 +1 104693 +1 105045 +1 122034 +1 122970 +1 127717 +1 131519 +1 156214 -1 156235 -1 185978 -1 208413 +1 218837 -1 223485 +1 223596 +1 235934 +1 236913 +1 259382 -1 289563 -1 328585 -1 328645 +1 354108 +1 357997 +1 365567 -1 366762 -1 384429 +1 405504 +1 411758 -1 424209 +1 431315 -1 450877 -1 455801 +1 455870 +1 460556 +1 460619 +1 519173 -1 552365 -1 563926 +1 611892 -1 611910 +1 623950 -1 624054 +1 638144 +1 698445 -1 699575 -1 702848 -1 702948 -1 703078 +1 709939 -1 728072 -1 753887 -1 753990 -1 754181 +1 754627 +1 757809 +1 765149 -1 770393 +1 770507 +1 784815 +1 808515 -1 808525 +1 812375 +1 812685 +1 847270 -1 847421 -1 921899 -1 922303 +1 925230 -1 931551 +1 940053 +1 953145 -1 953715 -1 954037 -1 956818 +1 960388 +1 961082 +1 962972 +1 984966 -1 986315 -1 989637 -1 996786 -1 1010882 +1 1015721 -1 1019410 -1 1020168 -1 1036933 +1 1039822 +1 1063056 -1 1078148 -1 1078433 +1 1078514 +1 1103081 +1 1108501 +1 1145872 +1 1146014 +1 1165215 +1 1194184 +1 1194231 +1 1229961 +1 1236748 +1 1246645 -1 1261400 -1 1262804 +1 1262898 +1 1267077 +1 1292181 -1 1297636 -1 1298695 +1 1309078 +1 1321132 -1 1328842 +1 1328907 +1 1331812 +1 1337258 -1 1339894 +1 1341395 -1 1346968 -1 1347153 -1 1386868 -1 1397576 -1 1451889 +1 1486214 +1 1496766 +1 1554620 +1 1617117 +1 1666615 -1 1675999 -1 1686464 -1 1697257 -1 1697285 +1 1733347 +1 1739225 +1 1744442 +1 1753491 +1 1755407 +1 1785185 -1 1793745 -1 1797325 -1 1797787 -1 1799370 -1 1804376 +1 1820307 -1 1830037 -1 1840329 +1 1860621 +1 1860759 +1 1910642 -1 1930823 -1 1932737 -1 1934398 -1 1976402 -1 1976419 -1 1987666 +1 1990873 -1 1992899 -1 1993428 -1 1999842 -1 2021858 +1 2042563 +1 2053051 +1 2058963 -1 2060274 +1 2087759 -1 2091382 +1 2099346 -1 2135605 -1 2229838 +1 2244949 -1 2253272 -1 2284227 +1 2308447 -1 2310850 -1 2337477 -1 2337559 +1 2342775 +1 2350471 -1 2350603 +1 2432035 -1 2435904 -1 2439661 -1 2459225 +1 2475841 +1 2518750 -1 2518796 -1 2520525 -1 2520583 -1 2530362 +1 2530397 +1 2531521 +1 2531621 +1 2533500 +1 2541577 -1 2595801 -1 2597804 -1 2597899 +1 2598457 +1 2618929 -1 2632127 -1 2632217 +1 2663421 +1 2683594 -1 2683816 +1 2685461 -1 2693609 -1 2705216 -1 2729468 -1 2732225 -1 2735599 +1 2739221 -1 2748768 -1 2796557 -1 2796577 -1 2802776 +1 2808768 +1 2820112 -1 2821841 -1 2823814 +1 2866140 -1 2866805 -1 2866852 -1 2874391 -1 2889987 -1 2907739 -1 2911852 -1 2932141 +1 2940661 -1 2957033 -1 2974591 +1 3048792 -1 3071843 -1 3088294 +1 3088346 +1 3098770 -1 3098809 -1 3108382 +1 3126221 +1 3208209 -1 3208287 +1 3208376 +1 3210278 +1 3210329 +1 3213238 +1 3264737 -1 3303501 -1 3309427 -1 3315938 -1 3316013 -1 3352144 +1 3381948 -1 3382237 +1 3382312 +1 3402777 +1 3407883 +1 3426574 -1 3426684 -1 3451079 -1 3472258 -1 3487858 -1 3488488 -1 3489972 -1 3490086 -1 3513890 -1 3515238 -1 3516805 -1 3517018 -1 3534323 -1 3534393 -1 3544041 +1 3550143 -1 3555739 -1 3559604 +1 3575275 -1 3595361 -1 3595386 -1 3597393 -1 3598634 -1 3604053 +1 3637613 +1 3646142 +1 3651566 +1 3654421 -1 3705499 -1 3717518 +1 3735099 +1 3740303 +1 3769815 +1 3780308 -1 3844825 -1 3865147 -1 3879918 -1 3880190 -1 3880218 -1 3880361 -1 3881740 +1 3881866 +1 3909196 -1 3912851 -1 3920153 -1 3924656 -1 3924757 +1 3930948 +1 3939140 +1 3939258 +1 3947841 +1 3947913 +1 3950011 +1 3955488 -1 3963262 +1 3963777 +1 3988612 +1 3995520 +1 3998806 +1 4028603 -1 4032828 +1 4040958 +1 4047479 +1 4049523 +1 4055688 -1 4055800 -1 4095293 +1 4098338 +1 4107487 +1 4115741 -1 4117986 -1 4126046 -1 4126109 -1 4126138 -1 4126216 +1 4130126 +1 4131392 +1 4150769 -1 4152464 +1 4152476 -1 4152657 -1 4156036 +1 4160874 -1 4160978 +1 4172960 +1 4174756 +1 4175933 +1 4177201 +1 4178641 +1 4205441 +1 4212981 +1 4221367 +1 4231118 -1 4244043 -1 4244315 +1 4254666 +1 4271512 -1 4271663 +1 4275002 -1 4322784 -1 4327898 +1 4338134 -1 4339228 -1 4352375 -1 4357684 -1 4359541 -1 4360205 -1 4366010 -1 4368194 +1 4376581 -1 4379990 -1 4396630 +1 4397379 +1 4397798 +1 4402242 +1 4411825 +1 4434207 -1 4445979 +1 4453334 +1 4463784 -1 4464849 -1 4470125 -1 4475907 -1 4493954 +1 4515850 -1 4538377 +1 4539439 +1 4549087 +1 4614248 +1 4622368 -1 4633046 +1 4638077 -1 4638104 -1 4638168 -1 4638250 -1 4638370 -1